Antes de la creación de la Red los establecimientos de salud de su jurisdicción, eran administrados por el Hospital Regional de Ayacucho, con la denominación de UTES Huamanga.
La creación y funcionamiento de la Red de Salud Huamanga se oficializó con 15 trabajadores entre asistenciales y administrativos, mediante la Resolución Nº 0139-2001 CTAR-DRSA-OP, el 16 de marzo del año 2001 de conformidad a lo dispuesto en el Decreto Legislativo Nº 384 Ley marco de la Modernización de la Administración Pública RPR Nº 402-99-CTAR-AYAC/PE, PRP Nº 0141-87-SA-P y R.M. Nº 022-98-SA, donde la Red de Salud Huamanga tuvo como ámbito de intervención a la provincia de Huamanga con 16 distritos como Ayacucho, Carmen Alto, San Juan Bautista, Jesús Nazareno, Acocro, Acos Vinchos, Chiara, Ocros, Pacaycasa, Quinua, San José de Ticllas, San Pedro de Cachi, Socos, Tambillo, Totos y Vinchos más los distritos de Totos, Paras y parte de Chuschi de la provincia de Cangallo y el distrito de Vilcanchos de la provincia de Víctor Fajardo, adscritos por accesibilidad, que integró 78 establecimientos de salud, de los cuales 12 fueron Centros de Salud y 66 Puestos de Salud, organizados en 17 Microrredes.
Para el año 2004, la institución tuvo una nueva estructura orgánica aprobada con Resolución Ministerial Nº 573-2003-SA/DM y una nueva delimitación que comprende 9 Microrredes conformado por 82 establecimientos de salud, todos ellos de primer nivel de atención aprobado con Resolución Ministerial Nº 638 – 2003-SA / DM.
A partir del año 2011 tiene la condición de Unidad Ejecutora que se viabilizó vía expediente técnico en el Ministerio de Economía y Finanzas. Implementada con la Resolución Ejecutiva Regional Nº 1160-2010-GRA/PRES.
En el año 2013, se realizó una nueva delimitación definiéndose 15 Microrredes que integran 88 establecimientos de salud aprobado con Resolución directoral regional Sectorial Nº 026-2013-GRA/GG-GRDS-DIRESA-DR, cuya implementación se inició recién en enero del año 2015, por limitaciones como la falta de recursos humanos, infraestructura y recursos financieros.
El año 2022 la Red de Salud Huamanga cumplió 22 años al servicio de la población, con un Hospital de categoría II-E, 2 centros de salud de categoría I-4, 16 centro de salud de categoría I-3, 12 puestos de salud de categoría I-2 y 60 puestos de salud de categoría I-1 y dos Centros Comunitarios de Salud Mental I-3 ubicados en el distrito de Carmen Alto y el distrito Jesús de Nazareno. Mientras los establecimientos de salud que son CLAS son 4 en la zona urbana y 2 en la zona rural.